Do tầm quan trọng của nó cho nên các tàu thuyền qua lại nơi đây từ lâu đã trở thành mục tiêu của các vụ tấn công cướp biển cũng như các vụ khủng bố.

Theo thống kê, eo biển Malacca chiếm tới 1/3 các vụ cướp biển trên thế giới. Số lượng các vụ cướp tăng gấp ba lần trong ba thập kỷ qua. Trong năm 1994 xảy ra 25 vụ tấn công thì đến năm 2000 đã có 220 vụ tấn công được ghi nhận.

Những tên cướp biển chủ yếu là những người dân Indonesia bị bần cùng hoá sau khủng hoảng tài chính năm 1997, hoặc là những phiến quân của tỉnh Aceh (Indonesia), nằm ở phía Bắc eo biển. Chúng có xu hướng cướp các tàu thuyền cỡ nhỏ hay bắt giữ các thuỷ thủ đoàn để đòi tiền chuộc.